藤枝MYFC

前史

藤枝市を本拠地とするクラブがJリーグを目指そうとする動きは、Jリーグ発足当初から、ジャパンフットボールリーグ（初代JFL）に在籍したことがある中央防犯サッカー部・藤枝ブルックスが加盟へ向けて動いていたが、当時の藤枝市民グラウンドサッカー場はJリーグ（現J1）基準を充足できるスタンドや照明設備が整っておらず、このままではJリーグ加盟ができないため、Jクラブの誘致に熱心だった福岡市と交渉し、福岡ブルックス（1996年からアビスパ福岡）とチーム名を改めたうえでJリーグ準会員資格を取得し、福岡市へ移転することとなった。

その後改めて、藤枝ネルソンCF（ふじえだネルソンクラブ・デ・フットボール）を母体に、藤枝市を本拠とするクラブでJリーグ入りを目指すことになったのである。チーム名のネルソンは元日本代表のネルソン吉村に由来している。藤枝ネルソンCFは静岡県社会人サッカーリーグで活動した他、全国社会人サッカー選手権大会に1度出場した経歴を有する（1998年。1回戦で札幌蹴球団に敗退）。2008年11月、「ネットオーナーシステム」を運営するMYFC運営事務局と藤枝ネルソンCFは同クラブを運営候補とすることで合意した（後に名称を「藤枝MYFC」に制定）。

2009年

ガンバ大阪元監督の釜本邦茂が監督に就任。ただし、釜本は「実際には監督というよりはスーパーバイザー的役割である」とコメントしており、現場でのチームの指揮はヘッドコーチ兼選手の斉藤俊秀が執っていた。後に釜本は総監督となり、ネットオーナーシステムの投票で97.5%の承認を得て3月から斉藤が監督に就任した。

静岡県リーグ1部で1位となったが、リーグ戦における試合当番の不履行により5順位降格の処分を受けて、最終順位は6位となった。

2010年

1月、東海社会人サッカーリーグ1部の静岡FCと統合。東海リーグの指導により、静岡FCを存続クラブとしてshizuoka.藤枝MYFC（シズオカ・ふじえだマイエフシー）へ登録チーム名を変更（呼称は「藤枝MYFC」）することで東海リーグへの参加が認められた。4月に釜本が総監督を退任した。

東海リーグ1部で優勝したが、第46回全国社会人サッカー選手権大会は1回戦で、第34回全国地域サッカーリーグ決勝大会は1次ラウンドで敗退した。

2011年

東海リーグ1部を連覇。第47回全国社会人サッカー選手権大会は3位、第35回全国地域サッカーリーグ決勝大会は準優勝の成績をそれぞれ収めた。12月16日の日本フットボールリーグ（JFL）理事会でJFL入会が承認された。

2012年 - 2013年（JFL）

2012年

登録チーム名を藤枝MYFCへ変更。なお、Jリーグ準加盟申請を準備していたが、静岡県サッカー協会から準加盟に必要な支援文書が発行されなかったため、年内の申請を断念したと報じられた。

2013年

6月に日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）へ準加盟を申請し、9月17日に準加盟が承認された。11月19日、Jリーグ理事会でJリーグへの入会と、2014年のJ3リーグ参加が承認された。

シーズン終了後、斉藤が監督退任と同時に現役引退した。斉藤のつけていた背番号2は2019年まで永久欠番であった。

2014年 - 2022年 (J3)

2014年

総監督に菊川凱夫、監督に水島武蔵が就任。リーグ戦は12チーム中11位。シーズン終了後に水島が監督を退任した。

2015年

監督にヘッドコーチだった大石篤人が就任。リーグ戦は13チーム中10位の成績で昨年より1つ順位を上げた。また、天皇杯で清水に勝利した。

2016年

大石体制2年目。18人の選手が退団したが、大迫希、鮫島晃太、遠藤敬佑ら14人が移籍加入、大学生4人が加入し18人の選手が加入した。リーグ戦は過去最高の7位。

2017年

大石体制3年目。4人の引退を含む14人の選手が退団したが、大竹隆人、伊藤竜司が移籍加入、田口潤人がレンタル移籍で加入、遠藤敬佑、川島將はレンタル移籍から完全移籍に移行した。県サッカー選手権大会決勝で沼津に敗れ、2年連続で天皇杯出場を逃した。J3リーグ戦では、枝本雄一郎がリーグ6位タイの13得点、遠藤が8位タイの12ゴールを挙げるなど、3位沼津、優勝した秋田に次ぐリーグ3位の50得点を挙げ、2年連続の7位躍進に貢献した。DF福王忠世・FW三好洋央の引退、期限付き加入だったDF伊藤槙人・DF薗田淳・GK田口潤人の期限付き移籍満了を含め、22名が退団した。

2018年

主要スポンサーで企業や官公庁などからの受託による測定・検査事業を展開する静環検査センターがクラブの筆頭株主となり、クラブ創設に携わった小山淳がクラブ運営から退き、後任の代表取締役に藤枝東高校サッカー部OB会長の鎌田昌治が就任。

GK川田修平・DF木下高彰・DF川上盛司の期限付き加入3名を含め、GK杉本拓也・MF岩渕良太・MF養父雄仁・FW谷口堅三ら20名もの新加入選手を迎えた。

J3リーグ戦では開幕戦に勝利したものの第5節から3連敗を含む5試合未勝利となるなど、夏季の中断期間前までで6勝3分8敗で勝点21の14位と低迷、7月24日には大石とコーチの増嶋真也の退任を発表し、同月27日に前月までJFLテゲバジャーロ宮崎の監督だった石﨑信弘が後任の監督に就任した。しかし、リーグ戦再開後いきなり5連敗、1引分の後第26節から3連勝し暫定12位まで浮上したが、直後に4連敗し16位まで順位を下げ、結局監督交代後は4勝1分10敗、最終的に10勝4分18敗で勝点34、前年度から大きく順位を下げ16位に終わった。得点が前年度より18点も少ないリーグ16位の32得点に低下し、失点も前年度の43から48に増えた。シーズン終了後DF木下高彰・DF川上盛司の期限付き移籍満了を含め、17名が退団した。

2019年

石﨑体制2年目。一方で、MF片岡爽（期限付き移籍）・MF谷澤達也・MF成岡翔・MF松岡亮輔・FW森島康仁ら17名を獲得、また、前年途中から期限付き移籍で加入していたMF出岡大輝が完全移籍に移行した。

J3リーグ戦では序盤から好調を維持し、第7節長野戦に勝利しクラブ史上初の首位に立つ。その後6位まで順位を落とすが、第14節以降は常に4位以上をキープし、第18節から第20節までは再び首位に立つなど、最後まで優勝争いを展開した。最終成績は2位群馬と勝点63で並ぶ3位でフィニッシュし、過去最高順位を更新した。得点はリーグ13位の42だったが、失点はリーグ2位タイの31で過去最少を記録した。

2020年

石﨑体制3年目。MF成岡翔とMF養父雄仁の引退など11名が退団、DF西埜植颯斗がJFL・ヴェルスパ大分に期限付き移籍した。一方で、MF枝村匠馬やMF姫野宥弥（期限付き移籍）、5年ぶりの復帰となるFW大石治寿ら8名を獲得、期限付き移籍で加入していたMF片岡爽とFW吉平翼が完全移籍に移行した。

6月30日、藤枝総合運動公園サッカー場の改修工事着工を前提とした特例処置を適用の上で、2021年度J2ライセンス申請を行う。9月28日、施設基準のうちJリーグ理事会で例外適用（スタジアム整備の猶予期間）が承認されたため、2021年度J2ライセンスが交付されることとなった。

結果は前年度を大きく順位を下回り、10位でシーズンを終え、石崎監督が退任した。

2021年

地元・藤枝市出身で元FC岐阜・栃木SCの監督を務めた倉田安治が監督に就任するも、同年7月12日に退任し、後任にクラブOBである須藤大輔が監督に就任した。

結果は2年連続の10位となった。

2022年

須藤体制2年目。

いわきFC・松本山雅FC・鹿児島ユナイテッドFC・FC今治・カターレ富山との激しい昇格争いを繰り広げたが、終盤戦では2位以内を保持し、最終的にJ3リーグで過去最高順位となる2位でシーズンを終えて、来シーズンのJ2リーグへの昇格が決まった。なお、2022年のJ1リーグでは同じく静岡県の静岡市に本拠を置く清水エスパルス（年間17位）と磐田市に本拠を置くジュビロ磐田（年間18位（最下位））の来季のJ2への自動降格が決まったため、来シーズンのJ2には静岡県のJリーグクラブのうちの3つ（清水・磐田・藤枝）がJ2に所属することになった。

2023年 - (J2)

2023年

須藤体制3年目。

同時昇格のいわきFCとの開幕戦を制し、長崎にも勝利して開幕連勝を飾る。その後3連敗するも第9節から3連勝するなど確実に勝ち星を拾う。2度の4連敗やホームでの大敗（東京Vに0-5、熊本に0-4、甲府に1-4）など調子の波が目立ったが、途中まで得点ランクトップを走った渡邉りょう（セレッソ大阪に移籍）を筆頭に、好調な攻撃陣で撃ち勝つ試合も多かった。最終的にJ2参入1年目を12位で終えた。得点数はリーグ6位タイの61得点を記録したが、失点数はワーストの72失点だった。また、今シーズンは、静岡県内3チーム(清水・磐田・藤枝)がJ2に所属し、静岡三国決戦と題して、それぞれのダービーマッチを盛り上げた。特に9月30日第37節のホーム清水戦では、2-0で歴史的勝利を収めた。また、クラブ史上最多となる6,288人を動員した。

2023年9月26日、 2024シーズンに関するJ1クラブライセンスが施設基準の例外規定の適用で承認された。

2024年

須藤体制4年目。