バリユナイテッドU20

クラブは、プトラ・サマリンダFCの代表であった Harbiansyah Hanafiah がクラブの移転を決定した2014年シーズン終了後に設立された。新たな本拠地にギャニャールが選ばれたのは、当時インドネシアのトップカテゴリとして両立状態にあったインドネシア・スーパーリーグ (ISL) とインドネシア・プレミアリーグ (IPL) のいずれにもバリ州を本拠地とするチームがいなかったためである。インドネシアのタイヤメーカーであるムルティストラーダ・アラ・サラナ（英語版）のブランド・コルサ (Corsa) と共同で、エンブレムとチームカラーを変更の上、チーム名をバリ・ユナイテッドに改名することを発表した。

監督として、インドネシアU-19代表（英語版）のヘッドコーチだったインドラ・シャフリ（英語版）を招聘し、若手中心のチーム作りを行う。シャフリは自らが育てたU-19代表チームの選手を引き入れ、トップカテゴリであるISLでプレーする機会を与えた。バリ・ユナイテッドとしての最初の試合は2015年4月4日のISL公式戦で、ペルセル・セルイ（英語版）1対2で敗戦、レルビー・エリアンドリー（英語版）がチーム初ゴールを挙げた。しかし、インドネシア青年スポーツ大臣のイマム・ナフラウィがインドネシアサッカー協会 (PSSI) に対して活動を凍結する大臣令を発し、PSSIがリーグを中止したため、デビューシーズンを終えることができなかった。翌年は非公式リーグであるインドネシア・サッカーチャンピオンシップに参戦、12位となった。

国際サッカー連盟 (FIFA) によるPSSIの資格停止処分（当該節参照）が解け、リーガ1として再スタートした2016年シーズンはリーグ序盤で苦戦を強いられ、間の出場停止後の最初のリーガ1シーズン、バリユナイテッドは最初の2試合で苦戦し、ハンズ・ペーター・シャーラー（英語版）監督の解任につながった。後任監督に指名されたウィドド・カヒオノ・プトロ（英語版）は、チームを優勝争いに導いたものの、最多勝ち点68で並んだバヤンガラFC（英語版）とは直接対戦の結果（バヤンガラFCの2勝）で後塵を拝することになり、惜しくも優勝を逃してしまう。しかし、バヤンガラFCがAFCライセンスを取得出来なかったため、繰り上げでAFCチャンピオンズリーグ2018 (ACL) の予選出場権を獲得した。

2018年1月16日にACL予選1回戦でタンピネス・ローバースに3-1で勝利したが 、2回戦でチェンライ・ユナイテッドに延長の末1-2で敗れ、グループステージに進出することは出来なかった。ACL予選敗退に伴い、AFCカップ2018グループステージの出場権を獲得したが、グループGの最下位に終わり敗退した。このパフォーマンスの悪さはリーグでも続き、リーグ戦のプルシジャ・ジャカルタ戦の前日にウィドド監督が突如解任され、サポーターが経営陣に抗議する事態となった。最終的にリーグ11位でシーズンを終えた 。

2019年シーズン、ウィドドの後任にはプルシジャ・ジャカルタを率いていた「テコ」ことステファノ・クグラ（英語版）を招聘。テコは就任最初のシーズンで、クラブを初のリーガ1タイトルに導いた。