奈良クラブ

都南クラブ時代 (1991年 - 2007年)

1991年、初代監督・山口幸司を中心に都南クラブが創設される。1997年に奈良県リーグ1部に昇格。

地域リーグ時代 (2008年 - 2014年)

2008年、クラブ名を奈良クラブに変更した。関西府県リーグ決勝大会で優勝した。翌2009年に関西サッカーリーグ2部を昇格1年目で制覇。2010年、サッカー部門にジュニアチームを設立。また、クラブのサポート体制の確立のため、スペインのFCバルセロナに代表される「ソシオ」制度を発足させた。3月29日には、奈良県から特定非営利活動法人の認証を受けた。

2010年12月1日、近鉄奈良駅近くの角振町から率川神社近くの北向町に移転した。

2011年2月3日、横浜FM元コーチの吉田悟が監督に就任。関西リーグ1部で初優勝。第35回全国地域サッカーリーグ決勝大会は1次ラウンドで敗退した。

2012年、カマタマーレ讃岐元監督の羽中田昌を監督に迎えたが、6月30日の9節終了後に辞意を表明、7月3日付けで辞任した。GMの矢部次郎が監督代行に就任。リーグ戦は2位。KSLカップで優勝した。12月19日、事務所を西九条町に移転した。

2013年9月17日、Jリーグ準加盟クラブとして承認された。10月15日、J3クラブライセンスのスタジアム基準を満たさないことより2014年のJ3リーグ入会は成らなかった。また、申請していた日本フットボールリーグ（JFL）入会も叶わなかった。

2014年、横浜FC元コーチの中村敦が監督に就任。関西リーグ1部で3年ぶりに優勝。また、第38回全国地域サッカーリーグ決勝大会も優勝した。12月10日の日本フットボールリーグ（JFL）理事会でJFL入会が承認された。

2015年 - 2022年 (JFL)

2017年、事務所を神殿町に移転した

2018年の天皇杯2回戦でJ1の名古屋にPK戦で一度は勝利したが、その後に審判の競技規則適応ミスが発覚。PK戦やり直しが行われ敗れた（詳細は天皇杯 JFA 第98回全日本サッカー選手権大会#マッチナンバー44の扱いを参照）。

2018年11月26日、トップチームの運営を新設する「株式会社奈良クラブ」に移管し、代表取締役社長にクラブスポンサーでもある中川政七商店会長の十三代・中川政七が就任。NPO法人奈良クラブ代表の矢部次郎は代表取締役副社長に就任し、GMとしてポルト大学大学院在籍中で、イングランドとポルトガルのプロクラブ下部組織でコーチを務めた経験を持つ林舞輝が就任することが発表された。なお、育成部門の運営は引き続きNPO法人奈良クラブが行う。

2019年12月7日、J3リーグ加入に必要な年間入場者数を満たすために、2015年から2019年まで5年間の主催試合の入場者数を水増ししていたことを明らかにした。これを受けて、日本サッカー協会からクラブおよび社長に対する処分が科された ことを受けて、1月31日付けで中川は代表取締役社長を辞任し、2月1日付で濵田満が代表取締役社長に就任した。2020年1月30日には、Jリーグから、解除条件を伴ったJリーグ百年構想クラブの失格処分となった が、同年6月23日に処分が解除された。

2022年、チームはJ3昇格の成績での案件（4位以内、かつ百年構想クラブの上位2番目まで、かつJ3ライセンス保有必須）クリアへ向けて着実に成果を上げていたが、同年度から「1試合の平均観客動員2,000人以上」の条件が3年ぶりに復活した ため、集客の課題を残していた（平均観客動員の規定人数を下回った場合J3昇格ができない恐れがある）。残り3試合で13,048人以上の集客を集めなければならないという厳しい条件の中迎えた、10月23日の鈴鹿ポイントゲッターズとの対戦で、鈴鹿側に三浦知良が在籍していることが功を奏し、ロートフィールド奈良に14,202人を集客し、最大の課題だった「平均2,000人以上」の集客案件をクリアした。その後、第28節ヴィアティン三重との対戦に勝利し、成績案件のクリアも確定。クラブの悲願であったJリーグ参入が決定した。そして、11月20日の最終節ソニー仙台FCとの対戦は引き分けに終わったが、2位のFC大阪も最下位のMIOびわこ滋賀との対戦で引き分けに終わり、3位のHonda FCも東京武蔵野ユナイテッドFCとの対戦に敗れたため、初優勝を決めた。なお、JFL優勝とJ3昇格を同時に達成したのは、前年度のいわきFCに続く史上2クラブ目となった。

2023年 - (J3)

2023年

フリアン体制3年目。Jリーグ参入初年度。

田中奏一の引退や長島滉大のヴェルスパ大分移籍など、計7名が退団した。一方、FCマルヤス岡崎から酒井達磨、相模原から中島賢星ら、計7名が加入した。10月24日にJ2クラブライセンスが交付された。

開幕戦こそホームで松本山雅に敗れたものの、第3節のアウェイ長野戦で初勝利。第6節から9節まで4連勝し、首位に立った。アウェイでの強さが光り、ホームで4試合あった完封試合はアウェイでは9試合に及んだ。16節のアウェイ福島戦では5-0という大勝も生まれた。しかしアウェイで好調な得点力もホームでは鳴りを潜めることが多く、外弁慶なシーズンとなった（チーム得点王の浅川隼人も16ゴール中11ゴールがアウェイである）。最終的に15勝12分11敗の勝ち点57、J3リーグ参戦1年目を5位の好成績で終えた。失点数はリーグ最少の32、また得失点差+13は、優勝した愛媛を上回り、2位の鹿児島に次ぐリーグ2番目の成績だった。

ホームでは5勝6分8敗と負け越した一方、アウェイでは10勝6分3敗と大きく勝ち越した。アウェイでの勝ち点36、得失点差+17という成績はリーグ1位だった。

2024年

フリアン体制4年目。