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2004年の初めにサン・マルティン・デ・ポレス大学によって、ペルー初となる公開有限会社として設立されたサッカークラブである。前年にセグンダ・ディビシオン（2部）で優勝してプリメーラ・ディビシオン（1部）に参戦する予定だったスポルト・コープソルの昇格権利を買い取り、創設初年度からプリメーラ・ディビシオンに参戦した。

豊富な資金力で有力選手を数多く獲得し、2007年にクラブ初の年間優勝を果たすと、2008年には2連覇を成し遂げた。

アペルトゥーラ（前期リーグ）2004の成績は酷いものであり、勝ち点10しか獲得できずに14クラブ中最下位に終わった。しかしクラウスーラ（後期リーグ）2004では勝利を積み重ねて勝ち点47を獲得し、前後期の通算では勝ち点57で12位となった。

2005年シーズンはまずまずの成績で5位となり、コパ・スダメリカーナの出場権を獲得した。

2006年の同大会ではコロネル・ボログネシFC（ペルー）との予選で敗退したが、ホームゲーム (3-2) では国際大会での初勝利を挙げた。同年のリーグ戦では前後期の通算で6位となり、国際大会の出場権は獲得できなかった。

アペルトゥーラ2007ではクスコで行われたシエンシアーノ戦に勝利し、初のステージ優勝を果たすとともにコパ・リベルタドーレス出場権を獲得した。クラウスーラ2007では上位6クラブに残れなず、優勝プレーオフに向けたチーム状態は満足いくものではなかったが、クラウスーラ覇者のコロネル・ボログネシFCもまたアペルトゥーラでのチーム状態は満足するものではなかった。年間を通じての成績が良かったということから、優勝プレーオフが行われずにサン・マルティンが年間王者となった。

2008年にはコパ・リベルタドーレスに初出場し、CAリーベル・プレート（アルゼンチン）やクラブ・アメリカ（メキシコ）に勝利するなど善戦したが、結局はグループリーグ最下位で敗退した。

2009年の同大会ではCAリーベル・プレート、ナシオナル（ウルグアイ）、ナシオナル（パラグアイ）と同組となったが、2勝2分2敗の勝ち点8で6試合を終え、ペルーのクラブとしては2004年以来となるグループリーグ突破を果たした。ラウンド16ではグレミオFBPAに2試合合計1-5で敗れた。

2010年12月12日、エスタディオ・モヌメンタルで行われたレオン・デ・ワヌコとの優勝決定戦に勝利し、3度目の年間優勝を果たした。

2012年2月20日、スポーツ面以外の問題のために地元の大会やプロとして臨む大会から撤退することを発表した。3月14日、それらの大会への復帰を表明した。