パニオニオスFC(ギリシャ語: Πανιώνιος Γ.Σ.Σ., 英語: Panionios G.S.S.)は、ギリシャのアテネに本拠地を置くサッカークラブである。1890年に創設され、ギリシャ・スーパーリーグに所属している。

パニオニオスは、ギリシャで最も古いサッカークラブのひとつであり、その歴史は1890年にまで遡る。クラブは、アテネのニオス・コスモス地区で設立され、当初はクリケットクラブとして活動していた。しかし、すぐにサッカー部門を設立し、1905年にギリシャ初の全国選手権であるギリシャ・カップで優勝した。

パニオニオスは、その後もギリシャのトップクラブとして活躍し、1926年にギリシャ・スーパーリーグの初代王者に輝いた。また、1939年には2度目のギリシャ・カップ優勝を果たした。しかし、その後はタイトルから遠ざかり、1970年代には2部リーグに降格した。

1980年代に1部リーグに復帰を果たしたパニオニオスは、1990年代に黄金期を迎えた。1992年には3度目のギリシャ・カップ優勝を果たし、1996年にはUEFAカップウィナーズカップの準々決勝に進出した。また、2000年には4度目のギリシャ・カップ優勝を果たした。

しかし、2000年代に入ると再び低迷し、2011年には2部リーグに降格した。2015年に1部リーグに復帰を果たしたが、2018年に再び2部リーグに降格した。

パニオニオスのホームスタジアムは、アテネ郊外のネア・スミルニにあるネア・スミルニ・スタジアムである。収容人数は約12,000人。

パニオニオスのライバルは、同じアテネを本拠地とするAEKアテネFCである。両クラブの対戦は「ダービー・オブ・ジ・イーグルス」と呼ばれ、ギリシャで最も熱いダービーマッチのひとつである。