SVメルゼブルク99（ドイツ語: SV Merseburg 99）は、ドイツのザクセン＝アンハルト州メルゼブルクに本拠地を置くサッカークラブである。1999年に創設された。
SVメルゼブルク99は、ノイシュタット/オルラ地区リーグで4シーズンを過ごした後、2003-04シーズンにLandesliga Süd（7部相当）に昇格した。2005-06シーズンには、クラブ史上初めてサクソンアンハルトカップで優勝した。2011-12シーズンには、クラブ史上初めてノイシュタット/オルラ地区リーグに昇格し、1シーズンを過ごした後、Landesliga Südに降格した。2014-15シーズンには、クラブ史上初めてサクソニーアンハルトリーグ（6部相当）に昇格したが、1シーズンを過ごした後、Landesliga Südに降格した。2017-18シーズンには、クラブ史上初めてサクソニーアンハルトリーグに昇格し、2シーズンを過ごした後、 Landesklasse Süd（8部相当）に降格した。
SVメルゼブルク99は、これまでDFBポカールに出場したことがない。
SVメルゼブルク99は、ノイシュタット/オルラ地区リーグで4シーズンを過ごした後、2003-04シーズンにLandesliga Süd（7部相当）に昇格した。2005-06シーズンには、クラブ史上初めてサクソンアンハルトカップで優勝した。2011-12シーズンには、クラブ史上初めてノイシュタット/オルラ地区リーグに昇格し、1シーズンを過ごした後、Landesliga Südに降格した。2014-15シーズンには、クラブ史上初めてサクソニーアンハルトリーグ（6部相当）に昇格したが、1シーズンを過ごした後、Landesliga Südに降格した。2017-18シーズンには、クラブ史上初めてサクソニーアンハルトリーグに昇格し、2シーズンを過ごした後、 Landesklasse Süd（8部相当）に降格した。
SVメルゼブルク99は、これまでDFBポカールに出場したことがない。