エストニア代表は、エストニアサッカー協会(エストニア語: Eesti Jalgpalli Liit、略称:EJL)によって編成されるエストニアのサッカーのナショナルチームである。

エストニア代表はかつてソビエト連邦の構成国だった歴史があり、ソ連崩壊後1991年7月3日にリトアニア代表との親善試合で国際Aマッチデビューを果たした。これまでにFIFAワールドカップとUEFA欧州選手権には出場できていない。

エストニアサッカー協会は1921年に設立され、1923年に国際サッカー連盟(FIFA)に加盟した。しかし、1940年にソ連に併合されたため、1991年にソ連から独立するまでは国際サッカー連盟(FIFA)および欧州サッカー連盟(UEFA)から除外されていた。

エストニア代表は、バルト三国のライバルであるラトビア代表、リトアニア代表とは定期的に対戦している。また、エストニア代表は、フィンランド代表、スウェーデン代表、ノルウェー代表とも対戦することが多く、これらのチームとは親善試合や北欧サッカー選手権で対戦している。