FCサントス・タルトゥ(エストニア語: Football Club Santos Tartu)は、エストニアのタルトゥをホームタウンとするサッカークラブである。2015シーズンはエシリーガ(2部)に所属。
エシリーガB(3部)に所属していた2014シーズンのエストニア・カップで準優勝した。同優勝のFCレバディア・タリンはメスタリリーガ2013で優勝し、すでにUEFAチャンピオンズリーグ 2014-15出場権を獲得していたため、準優勝のサントス・タルトゥが繰り上げでクラブ史上初の欧州カップ戦となるUEFAヨーロッパリーグ 2014-15出場権を獲得した。UEFAヨーロッパリーグ初挑戦はトロムソILに1-13で完敗したが、Alar Alveが歴史的なゴールを決めた。